目录
第一章 前言 1
1.1 lncRNA在高脂饮食诱导肥胖中的相关研究 1
1.2 研究目的与意义 2
1.3 研究内容与路线 2
第二章 肥胖抵抗和肥胖易感小鼠棕色脂肪组织的lncRNA文库数据分析 3
2.1 测序实验材料与方法 3
2.1.1 实验动物 3
2.1.2 建立饮食诱发的肥胖小鼠模型 3
2.2 测序数据处理与分析 4
2.2.1 数据的质量控制与过滤 4
2.2.2 比对与组装 4
2.2.3 编码能力预测 4
2.2.4 mRNA与lncRNA的比较分析 4
2.2.5 mRNA基因注释 5
2.2.6 定量分析 5
2.2.7 差异表达基因分析 5
2.2.8 差异表达mRNA的GO、KEGG富集分析 5
2.2.9 lncRNA靶基因的预测 5
2.3 结果 6
2.3.1测序及质控结果 6
2.3.2 比对与组装 6
2.3.3 样品的相关性 7
2.3.4 lncRNA的筛选 8
2.3.5 lncRNA与mRNA的比较 8
2.3.6 基因表达 11
2.3.7 差异表达的lncRNA与mRNA 11
2.3.8 差异表达的mRNA的GO和KEGG pathway富集分析 13
2.3.9 lncRNA的靶基因预测 15
2.4 讨论 17
2.4.1 lncRNA的基本分析 17
2.4.2 差异表达的mRNA 18
2.4.3 lncRNA的靶基因预测 19
第三章 总结与展望 20
3.1 总结 20
3.2 创新点 20
3.3 展望 21
致谢 22
参考文献 23
第一章 前言
肥胖已成为世界范围内的公共卫生问题，产生肥胖的因素引起了公众的关注。其发生的原 *51今日免费论文网|www.51jrft.com +Q: &351916072& 
因非常复杂，常被认为受遗传和环境因素的共同作用。高脂饮食（highfat diet，HFD）是一种已知与肥胖有关的饮食。有趣的是，不同个体在体重增加上存在差异，即使生活在相同的饮食和环境中，一些个体可以表现为肥胖或抵抗超重[1]。其中，更容易发生肥胖的个体表现为肥胖易感（obesityprone，OP）和不容易形成肥胖的个体表现为肥胖抵抗（obesityresistant，OR）[1]。已有研究表明，OP和OR两种表型的大鼠或小鼠中白色脂肪组织和肝脏的转录组学谱系存在显著差异变化[2,3]，这些差异表达的基因与肥胖相关。
长链非编码RNA（lncRNA）是一类涉及多种生物学功能的普遍基因，其长度大于200个核苷酸。LncRNA具有组织特异性，其表达量在不同的组织或器官之间的表达量具有差异[4,5]。且与mRNA相比，lncRNA的表达水平更低[6]，主要定位于细胞核，少数定位于细胞质中[7,8]。虽然lncRNA普遍不具备翻译生成蛋白质的能力，但可作为生物介体，通过表观遗传修饰，转录调控和转录后调控参与基因表达的调控[9]。随着测序技术的发展，各种新的非编码RNA功能已被慢慢挖掘，也发现了可能对肥胖起调节作用的lncRNA。
肥胖作为一种慢性代谢性疾病，其特征是脂肪分布异常或脂质过多积聚[10]。棕色脂肪组织（brown adipose tissue，BAT）被认为是诱人的肥胖症治疗靶标，因为它通过促进能量消耗和热量产生来预防肥胖症。当增加BAT活性或白色脂肪中产热脂肪细胞的数量时，小鼠就能够保持健康和纤瘦[11–13]。
所以，探索参与体重调节的棕色脂肪组织的lncRNA，有助于我们找到抗肥胖的新治疗靶点[14,15]。
1.1 lncRNA在高脂饮食诱导肥胖中的相关研究
LncRNA的功能十分复杂，可以参与多种生物学的功能。随着测序技术的普及，高脂饮食（HFD）诱导肥胖小鼠lncRNA的研究也开始被关注。近些年对于lncRNA在HFD诱导下肥胖的研究中，发现了以下lncRNA对肥胖可能起调节作用。类固醇受体RNA激活剂（steroid receptor RNA activator，SRA）是最先发现参与脂肪生成的一类lncRNA[16]。作为过氧化物酶体增殖物激活受体γ（PPARγ）的转录共激活剂，可在体外促进脂肪细胞分化。SRA基因敲除可预防高脂饮食引起的肥胖症并提高糖耐量[17]。lncRNA MEG3通过增加转录因子FoxO1表达来增强高脂饮食（HFD）下肝胰岛素抵抗[18]，MEG3还可以通过充当miR‑214的ceRNA促进ATF4表达来改善HFD下肝胰岛素抵抗[9]，以改善肥胖症。在白色脂肪组织中（White adipose tissue，WAT），棕色脂肪lncRNA1（Blnc1）通过将hnRNPA1从Pgc1β启动子中诱导表达，来重塑线粒体的产生和功能，从而预防高脂饮食诱导的肥胖[19]。lncRNA Gomafu通过使miR1395p海绵化而上调Foxo1表达以促进HFD中的肝胰岛素抵抗[20]，从而改善肥胖症。LncRNA H19通过限制棕色脂肪中PEG的表达来预防HFD诱导的肥胖。H19在体内的过表达可以防止饮食诱导的肥胖，改善胰岛素敏感性和线粒体生物发生，而当H19缺失时体重易于增加[21]。
这些研究表明了lncRNA可以与蛋白编码RNA（mRNA）关联作用对高脂饮食（HFD）导致的肥胖起调节作用。所以，本研究希望能通过lncRNA与靶基因关联分析，筛选出新型在体重调节中起重要作用的lncRNA。

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